秦思婷和梅杏儿终于如愿以尝的分配到了东江基地医院，梅杏儿穿上了海军军装，兴奋地睡不找觉，她思恋着郑大哥能快点学成归来。
谢庭群擅自把鲁淮成的家具给换了，他的能说会道引起了鲁淮成的反感，第二天他拿出自己的钱交给了营房处长。鲁淮成来到基地医院例行检查身身体，无意间看见梅杏儿，他们认出了对方，鲁淮成惊讶地看着当年的放羊女，如今成了海军战士，倍感欣慰，梅杏儿看着慈祥的鲁淮成觉得怪怪的，秦思婷告诉她，听说鲁参谋长的女儿刚生下来就丢了，梅杏儿明白，参谋长一定是思念女儿了。
秀竹和马一凡的军迷吧热闹异常，于季东专程赶来向大家宣布，自己公司将从中南搬到了东江，并向秦思婷公开了自己之所以来东江，就是为了她，希望能成为她的男朋友，深藏着郑远海的秦思婷婉言拒绝。
谢庭群送秀竹回家，也向她表示自己的爱慕，也被秀竹拒绝。谢庭群开始琢磨了与南克江竞争的思想。
鲁淮成突击考察潜艇支队，但由于谢庭群的通风报信，支队干部全部到位迎接，在招待所的饭桌上，谢庭群擅自点了八个菜，这一切使鲁淮成大为不满，当着基层领导的面，他没有发作。
谢庭群乘机把南克江请到酒馆，声言自己也喜欢秀竹，可以跟他一起展开追求，最后秀竹如果愿意跟谁，她就是谁的，然后举杯豪赌，南克江赌气地跟他干起杯来，结果大醉，在深夜的支队紧急集合时，南克江竟然没有到位。受到了鲁淮成的严厉批评。
旗舰第12集剧情介绍从潜艇支队回基地的路上，鲁淮成狠狠地批评了谢庭群，警告他自己只是个生活秘书，没有权利到基层指手画脚。一心想至于南克江死地的谢庭群，不但没有听进批评，还假传圣旨，支队最后无奈地决定把南克江调离潜艇，到了远离东江的菊花岛的一个观通站工作。
秀竹哭着不让南克江离去，但倔强的南克江不原谅自己因为醉酒，耽误了紧急集合，他决心卧薪尝胆，毫无怨言地去了菊花岛。
梅杏儿例行给鲁淮成量血压，鲁淮成觉得梅杏儿有些象自己失散的女儿，梅杏儿告诉鲁淮成如果想女儿了，就叫她来。鲁淮成高兴的答应了。
186驱逐舰舰长上调，新舰长人选迫在眉睫，陈建军是第一人选，呼声最高，身为机关，首长秘书的谢庭群嘱咐他最近一定要谨慎小心，不要出纰漏。
基地为了考核舰长人选，组织了海上攻潜训练。陈建军代行舰长职务，指挥这次演练。就在攻潜行动中，突然一艘不明国籍潜艇潜入了我方对外宣布训练戒严的海域进行侦察，基地命令180舰前往追击拦截，陈建军以为是鲁淮成考验自己，不相信真有不明潜艇的进入，为了在舰长考核中不出问题，安全起见，没有抄有礁石危险的近海追击，贻误了战机，致使不明潜艇逃出我舰的包围。
父亲陈敬国闻听这次陈建军的失误，大怒，他严厉批评他没有实战观念。
鲁淮成认为陈建军的这次失误是不可饶恕的，认为186舰长不能由他担任，起码现在不合适，在政委王宏业召集的基地党组会上，鲁淮成没有举手，但陈建军的舰长人选还是以少数服从多数地通过了。陈建军如愿以尝地当上了186旗舰的舰长。
在菊花岛上，南克江为救一落水女青年，挺身而出，基地接到当地群众寄来的表扬照片，但被谢庭群截住扣压，并经过裁剪拿到了秀竹面前，诬蔑南克江在菊花岛偷情被人检举，秀竹惊讶和痛苦的与南克江断绝了关系。
